Aus dieser Kriegswichtigkeit resultierten die zahlreichen Luftangriffe auf den Hafen und die umliegende Stadt. 1943 wurde der Hafen, insbesondere das große Dock, Ziel eines britischen Kommandounternehmens, um den Hafen deutlich zu schwächen. Hierbei wurde jedoch nur die Dockeinfahrt zerstört. Die Bombardements schadeten dem Bunker wenig, jedoch wurde die Stadt in großen Teilen zerstört. Ab 1943 sollte sie gezielt unbewohnbar bombardiert werden. Die Deutschen hielten die Stadt trotz der alliierten Rückeroberung Frankreichs 1944 als eine Enklave bis Kriegsende.
Die gesamte U-Boot-Basis ging nach dem Krieg an die französische Marine über, die die Bunker als Depot für Zivil- und Militärschiffe nutzte. Ab 1948 bis in die 1990er Jahre wurde die Basis von Handelsunternehmen als Lager genutzt. In den Jahren 1953 bis 1959 wurde der Bunker zuletzt als Werft genutzt, acht Minenräumboote liefen hier vom Stapel. 1995 begann die Stadt das „Ville-Port“-Projekt aufzulegen, welches neben einer Umgestaltung der Innenstadt auch die Einbeziehung des Hafens mit der U-Boot-Basis beinhaltet.
Heute ist das Hauptbauwerk in die Innenstadt integriert und beherbergt das Tourismusbüro, ein Café und auch eine Aussichtsterrasse, die fast das ganze Dach umfasst. Ferner ist in der gedeckten Schleuse seit August 1986 das U-Boot S637 „Espadon“ untergebracht und dient als Museum; auch hier ist das Dach als Aussichtsplattform zu betreten.
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